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在危害棚室蔬菜的侵染性病害中，真菌占很大比重。真菌侵染部位在潮湿的条件下都有菌丝和孢子产生，产生出白色棉絮状物、丝状物，不同颜色的粉状物、雾状物或颗粒状物，这是判断真菌性病害的主要依据。为害蔬菜的真菌性病害种类繁多，如灰霉病、菌核病、蔓枯病、叶霉病、枯萎病等，蔬菜的根、茎、叶、花、果等部位都可受到真菌的侵染为害。真菌性病害发病症状明显，主要侵染表皮，容易发现，防治相对也简单一些。
灰霉病
发病条件：灰霉病属低温高湿型病害，病原菌生长温度为 20℃- 30℃，温度 20℃25℃、湿度持续90%以上时为病害高发期。该病害是一种典型的气传病害，可随空气、水流以及农事作业传播。所以灰霉病难以防治，最主要的原因就是因为其厚厚的霉层传播广泛，导致病害大面积发生。
防治方法：
增温降湿。冬春低温季节，为保证白天棚温，可适当延迟通风时间，待上午10点以后，棚温升到30℃左右时，通风降湿，下午2点以后若棚温下降，要及时关闭风口，当棚温降至20℃左右时，要放下草帘保温。铺设地膜，行间覆盖麦草可减少地面水分蒸发，调控温湿度，是值得提倡的方式。
控制浇水。冬春低温季节，棚室气温低，闭棚时间长，为了降低棚内湿度，要尽量减少浇水，需要浇水时，应膜下浇小水，以满足作物正常的生长需求，切不可大水漫灌。浇水应选择晴天上午，浇水后立即密闭棚室，提高棚温，中午前后再通风排湿。
及时去除残花残叶。蔬菜茎、叶、果直接发生灰霉病的很少，绝大部分都是由残花生灰霉腐烂后掉落在健康的茎、叶、果上引发灰霉病，因此及时去除残花残叶，拿到棚外深埋或烧毁，可减少病菌再次侵染的概率。菜农可以使用小木棍敲打钢丝或晃动棵子的方法使残花掉落。常用药剂有50%多菌灵可湿性粉剂、40%菌核净可湿性粉剂、50%腐霉利可湿性粉剂、50%乙烯菌核利可湿性粉剂、50%异菌脲可湿性粉剂、400克/升嘧霉胺悬浮剂、50%啶酰菌胺水分散粒剂、50%嘧菌环胺水分散粒剂等。
蔓枯病
发病条件：病菌主要随病残体在土中或附在种子、大棚棚架等处越冬。棚室内主要的传播途径是通过灌溉水传播，从气孔、水孔和伤口侵入。种子带菌导致子叶染病。成株期病菌由果实蒂部或果柄侵入。蔓枯病病菌喜湿喜温，棚室内的气候环境满足病菌的发生条件，病害易大面积发生。连作地、平畦栽培、排水不良、种植密度过大、供肥不足、长势弱的植株易发病。
防治方法：可采取药剂防治和环境调控相结合的措施。蔓枯病在18℃-25℃，相对湿度85%以上时，发病重，因此在棚室管理中，应注意升温排湿，白天将棚温控制在25℃-33℃，夜温控制在15℃20℃。蔓枯病多在瓜类蔬菜子叶期开始染病，因此，瓜类蔬菜的育苗期一定要仔细观察子叶生长情况，一旦发现子叶上生有蔓枯病，就要及时剪除病斑或摘除染病子叶，防止病害传播蔓延。常用药剂有50%甲基托布津可湿性粉剂、70%百菌清可湿性粉剂、250克/升醚菌酯悬浮液、25%咪鲜胺乳油、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、60%唑醚·代森联水分散粒剂、75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂、400克/升氟喹唑乳油、325克/升苯甲·醚菌酯悬浮剂等。
灰叶斑病
发病条件：病菌多随病残体在保护地土壤中越冬，成为翌年初侵染源。叶片发病后产生的分生孢子借风雨传播，进行多次重复侵染，致病害不断扩展蔓延。棚温 20℃25℃、相对湿度80%时发病株率迅速增加。连续降雨2-3天易造成该病流行。
防治方法：番茄灰叶斑病流行速度快，发现病斑后及时防治非常关键。生产中菜农应注意培育壮棵，提高叶片的抗病能力，发病后及时用药。常用药剂有40%百菌清悬浮剂、25%嘧菌酯悬浮剂、75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂、48.2%氟吡菌酰胺·肟菌酯悬浮剂、10%苯醚甲环唑水分散粒剂等。
早疫病
发病条件：早疫病分生孢子从蔬菜的叶片、花、果实等的气孔、皮孔或表皮直接侵入。棚室内相对湿度86%98%时分生孢子萌发率最高。蔬菜叶面结露，叶缘吐水持续时间长时易导致该病的发生流行。
防治方法：常用药剂有70%甲基托布津可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂、50%异菌脲可湿性粉剂、75%百菌清可湿性粉剂、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、250克/升咪鲜胺乳油、250g/L嘧菌酯悬浮剂等。
叶霉病
发病条件：病菌以菌丝体或菌丝块在病残体内越冬，也可以分生孢子附着在种子上或以菌丝潜伏在种皮内越冬，并随种子进行远距离传播。温度在9℃-34℃之间，病原都能侵染为害，发病最适温度是20℃-25℃。在最适温度且湿度较大（相对湿度在80%以上）时，仅需10天到半个月就可普遍发病。连阴雨天气多，大棚通风不良或未放风，棚内湿度大或光照弱，叶霉病易流行成灾。棚内温度升至35℃以上，相对湿度低于80%，光照充足对该病有明显的抑制作用。连续多年重茬种植番茄的棚室、土壤黏重、棚室设施老化通风透光性差、种植了抗病性差的品种等，均能够引起该病的大发生。
防治方法：叶霉病一旦发病后，孢子量大，如果用药不当，防治效果就会很差。常用药剂有10%苯醚甲环唑水分散粒剂、43%戊唑醇悬浮剂、40%氟硅唑乳油、40%腈菌唑可湿性粉剂、25%丙环唑乳油、30%氟菌唑可湿性粉剂、25%乙嘧酚悬浮剂、10%多抗霉素可湿性粉剂、2%春雷霉素可湿性粉剂、75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂、325克/升苯甲·醚菌酯悬浮剂、42.8%氟菌·肟菌酯悬浮剂等。除了药剂方面的预防以外，菜农还应按病害的发病特点，做好棚室环境的调控，做好综合防治。
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